В Linux доступ к папкам имеют пользователи (или иными словами процессы, запущенные от имени пользователя), и если у вас апач + PHP, и вы в скрипте указали, что PHP может писать в эту папку, то любой пользователь, зашедший к вам, и инициирующий запуск этого скрипта может инициировать и запись в папку. Поэтому и надо строго ограничить какого типы файлов можно хранить на сервере, и возможно ли их внешнее чтение.