Я знаю два способа минимизировать эти издержки.
- При создани торрентов сортировать файлы и папки по алфавиту; при обновлении давать файлам и папкам такие имена, чтобы они добавлялись всегда в конец списка
- Размер частей задавать поменьше
Если есть и другие, буду раз узнать о них.