Присылайте конкретные примеры кода при выполнении которых бот офается или медленно работает.
Наиболее очевидное не гонять циклы по всем серверам из-за какой-то фигни (особенно в часто вызываемых событиях) и максимально использовать асинхронные библиотеки
Подобрать хороший хост. Так же проверьте наличие бесконечных циклов (B python - While). Они больше влияют на нагрузку, и время ожидания ответа от бота может затянуться.