Задался этим вопросом, нашёл ответ в другом месте, вдруг кто сюда тоже попадёт из поиска:
Если сначала удалить историю группы (3 точки -> "Очистить историю"), а уже только затем (когда снизу пропадёт таймер отмены и чат станет пустой) нажать "Удалить и покинуть группу", то уведомление об уходе из группы не отправится, а вы тихо исчезните из списка участников.
Протестировал способ с помощью основного и дополнительного аккаунтов в тестовой группе, на момент написания ответа всё работает именно так.