В принципе spring позволяет работать с несколькими
базами, но все удобства сразу уйдут, ведь там все завязано на то что ты конфигурируешь классы привязывая каждый к своей базе данных, а если ты начнешь сам рулить подключениями, будет уже не так удобно.
У меня есть совет, так как структуры для каждого пользователя одни и те же, то можно смешать данные всех пользователей в одной базе, добавив поле для фильтрации user_id и везде в запросах его указывать.