В зависимости от окружения. Хорошим тоном для Docker является хранение переменных окружения в .env файле. При этом, на сервере не обязательно хранить сам файл: переменные окружения можно передавать при запуске контейнера, а храниться они могут где угодно. Например, в базе менеджера CI/CD, если она достаточно защищена. .env файл используется, преимущественно, для локальной разработки, чтобы разработчики не имели кредов к базам и т.д.. А как передать переменные в рабочий инстанс на сервере - это уже каждый извращается как может. Вплоть до использования защищённых областей памяти.