Я вам рекомендую уже на старте - не начинать все это самому. Очевидно же у вас нет опыта совсем. Лучше на каждое направление наймите специалиста. Работайте с ним близко. Каждый даст вам опыт и ту самую отчетность)
Много перепробовал, для себя нашел идеальным пока Wrike. (Как руководитель проектов) Очень много чего пробовал. Но до сих пор любимы инструмент это Google Docs ) на каждого работника завожу файл, пишу туда таски и т.п. вещи. Рекомендую в общем.