При выборке использовать в фильтре конструкцию LOGIC => AND, где указать с отрицанием разделы по ID или по LEFT_MARGIN / RIGHT_MARGIN или в том же фильтре указать с отрицанием массив ID разделов. Вы приведите код, которым у вас не получается сделать выборку?
Пример с LOGIC => OR
$arrFilter[] = [
"ACTIVE" => "Y",
"LOGIC" => "OR",
["!SECTION_ID" => 345],
["!SECTION_ID" => 432]
];
Документация по теме:
getList() D7
CIBlockElement::GetList() старого ядра