Можно ещё хранить в базе дату регистрации и считать кол-во полных дней, которые зарегистрирован пользователь.
Бонусы = (кол-во полных дней) * (кол-во бонусов за день);
Если за бонусы можно что-то получать, что было бы логично, завести таблицу потраченных бонусов.
Соответственно формула текущих бонусов приобретает вид:
Бонусы = (кол-во полных дней) * (кол-во бонусов за день) - (сумма потраченных бонусов);
Это для ситуации когда бонусы начисляются вне зависимости от активности пользователя.
P.S. Любое использование cron или аналогов будет создавать большую нагрузку на БД в момент пересчета бонусов при росте кол-ва пользователей. Хотя, если кол-во считываний бонусов превышает кол-во начислений и этот вариант имеет право на жизнь.