вообще не принципиально.
есть система учета ТМЦ.
В ней хранятся результаты движения.
Берем оттуда информацию о продажах и остатках. обратно возвращаем готовые заказы.
Предполагается что система должна иметь возможность настройки экспорта импорта.
Посмотрите вот это обсуждение: Какой open-source продукт использовать для автоматизация аптек?
Я не думаю, что бывает отдельная система формирования заказов. Если у вас есть учётная система, стоит искать модуль к ней. Если нет, стоит посмотреть на OpenERP.