Под другим пользователем и под root - всё OK.
Удалял mintmenu со всеми потрохами
sudo apt purge mintmenu
rm -rf ~/.linuxmint/mintMenu ~/.config/mintmenu ~/.config/menus
+ через Dconf editor удаляю ветку /com/linuxmint/mintmenu
Рестарт сессии.
Устанавливаю заново mintmenu и ставлю его на панель.
Итог : всё по прежнему, т.е. под рутом и под другим пользователем всё норм,
а у меня в меню нет "ярлыков" приложений, только то что в избранном.
скрины, чтобы было понятней
ЗЫ
Проблему решил :)
Какой то из .desktop файлов в каталоге ~/.local/share/applications/wine
не давал нормально работать плагину applications,
Хотел найти какой именно файл вызвал эту проблему, но не хватило терпения, т.к. их много :(
Просто удалил весь каталог
