Есть файл profile.php, который подключает несколько скриптов ( js/jquery-ui.js )
Этот файл прописан в .htaccess как сайт/user/логин. То есть profile.php?id=123 и есть /user/123.
Все скрипты находятся в папке js. В шапке прописано <base href="/">. Но скрипты все равно не подключаются.
Либо попробуйте в base прописать не "/" а полное название сайта "mysite.com"
Либо забейте на этот base, и просто подключайте файл как script src="/js/jquery-ui.js"
@DmitriyEntelis Консоль указывает, что парсит из /user/js/jquery-ui.js. Как указать верный путь, не затрагивая весь сайт, потому что во всем коде скрипты подключаются "js/script.js". Код большой, скриптов много.