Если контуры рисовались просто как штриховой рисунок, т.е. без учета заливки, то скорее всего их простая заливка на таком сложном рисунке не решит проблемы с заливкой. Я бы продублировал штрихи "этажом ниже" (оставив видимыми и заблокировав слои со штрихами) и, обнулив контуры, решал вопрос с цветом заливки отдельно с каждой фигурой. Возможно, потребуется дорисовка фигур там, где контура как бы и нет, а цвет нужен (например, если заливка нужна за пределами фигуры, образованной штрихами).