Скорее да. Менеджер пакетов пишет, сколько места будет занято после обновления.
Прими привинтивные меры - сотри старые логи, удали хлам в директории с ISP manager (там бывает неудачные бэкапы застревают, да и логи у неё тоже свои есть), посмотри есть ли лишние не нужные файлы в директориях пользователей, сотри кеш пакетов и т.д.