1) Поиск объектов по тегам долгое, потребуется постоянное кеширование.
2) Тегов может стать очень много, выбирать нужный тег из 2000 такое себе удовольствие.
3) Нельзя сделать несколько тегов (по аналогии с классами в HTML/JS). Допустим у нас есть стратегия, где есть два типа юнитов - техника и пехота, мы не можем сделать общий тег Юнит и добавить плюсом теги Пехота и Техника соответственно для лучшего поиска.
Если хочешь отвязаться от сериализованных полей Unity (так как они часто бьются) и искать по ним - лучше написать свою систему тегов (которая будет поддерживать множественность) и сделать ее по аналогии с классами в HTML/JS (естественно, с кешированием)