файлы с одинаковым именем
Никак. Питон сначала ищет имя модуля в
кэше, и импортирует только если такого модуля не найдено.
Может, будет проще как-то импортировать по квалифицированному имени, типа пакетА.подпакетБ.модуль? Тогда имена будут разные.
В общем, поясни, что ты пытаешься сделать.