Если вы умеете рисовать, то вопрос выбора инструмента для этого зависит только от вас. Если это разовый проект, можете рисовать, как привыкли, на бумаге. Отсканировать рисунки, подчистить и перевести в PDF — с точки зрения трудоемкости ничто в сравнении с тем, чтобы профессионально и красиво нарисовать. Другой вопрос: для чего нужен именно PDF? Возможно, предполагается, что результат должен быть в векторе? Тогда придется еще немного повозиться. Но это всяко легче, чем нарисовать именно то, что требуется