У DNS Яндекса я уже пол года наблюдаю проблемы. Связывался с их тех поддержкой, есть тикет от меня с описанием проблем, который они рассматривают, но пока ответов не поступало.
Могу посоветовать сделать DNS сервером сам MikroTIK, а в качестве DNS на роутере указать либо провайдерские DNS либо DNS от CloudFlare, а лучше и то и другое. Так будет и стабильнее и быстрее.
PS
И да, увеличь lease time в настройках DHCP на MikroTIK часов до 12.