То письмо приходит.
Возможно отправка приглашения отправляется как то по другому, только не могу понять как, логи записываются только те, что я отправлял тестовое письмо с командной строки.
В админке, в настройках главного модуля в поле email администратора нужно указать тот же email, что при настройке под консолью виртуальной машины (6. Configure pool sites > 4. Change e-mail settings on site).
Также, если используется почта biz.mail.ru, то расширение протокола текстового обмена должно быть выключено tls_starttls off.
Конфиг хранится /home/bitrix/.msmtprc
host smtp.mail.ru
port 465
from mail@domen.ru
keepbcc off
auth on
user mail@domen.ru
password **********
tls on
tls_starttls off
tls_certcheck off