1) Защиты на 100% не существует. Это аксиома.
Всегда есть терморектальный способ взлома, при котором вы сами отдадите взломщику все пароли и покажете, куда и как их вводить. Ну а так программу шифрования на системном уровне можно считать высоким уровнем безопасности (если без интернета). Даже если ноут украдут, без пароля достать информацию не смогут, ценность будет представлять лишь сам ноут.
В любом случае, надо заранее понять, от кого защита. Потому что одна и та же защита от соседа будет на 99% защищать, а от товарища майора на 1%. Это как пример. Главное здесь понимать, что 100% достичь невозможно.
2) Без Интернета можно через флешку передавать относительно безопасно. (см п.1 про 100%-ю безопасность). Даже если вирус на флешке попадёт на ноут, то он ничего не сможет украсть (ведь интернета нет). Самое худшее - это порча файлов и самого ноута, но это маловероятно, и на этот случай должны быть бэкапы. Ну и нужно очень постараться, чтобы запустить сам вирус с флешки, он же прописывает себя в конкретных файлах. Просмотреть скрытые файлы сумеет даже школьник.
P.S. Есть микроскопический шанс, что специально под ваше поведение будет написан вирус, который умеет ворованные данные писать на флешку в надежде, что другая часть этого вируса примет эти данные на ПК с интернетом и полноценно отправит злоумышленнику. Но шанс настолько мал, что думать об этом не стоит. Плюс см. выше про то, что можно не запускать вирус с флешки (а иметь дело только с документами, картинками, звуком и видео, в общем с данными).