Причина озвучена в сообщении. Вы пытаетесь «смёржить» ветки, которые не имеют общей истории. Зачем?
Решений могу предложить несколько.
1. Вместо merge используйте команду rebase. Это пересоберёт вливаемую ветку поверх базовой.
2. У команды merge есть опция для игнорирования этой ошибки:
--allow-unrelated-histories
Последний вариант используют когда объединяются истории двух проектов, которые начали свою жизнь независимо друг от друга.