Модель (Model) - слой работы с данными. мне сложно воспринять этот слой, т.к. вряд ли контроллер всегда работает напрямую с моделью ?
Контроллер всегда напрямую работает с моделью.
Наверняка же есть какие-то промежуточные слои ? Например Сервис ? А в сервисах уже вызываются DAO или Repository (кстати, в чем у них отличие?).
Нет никаких промежуточных слоев. Какого рода логика будет в модели, это уже ваше право, MVC этим не занимается.
Мысль MVC отделить обработку пользовательского ввода (Контроллер) и вывода (Представление) от внутренней логики приложения (Модель). Вот и все.
Единственное, что можно отметить еще, в вебе принято, что контроллер передает данные в модель, забирает вывод и предает его в представление. В классическом mvc, контроллер передает данные в модель, а модель свой вывод передает напрямую в представление.