Ноды видят IP друг друга. И банят друг друга, если им поведение другой ноды кажется вредоносным. Но что не запрещено правилами сети, то разрешено. Может у какой-то ноды в настройках стоит пропускать транзакции с нулевой комиссией, а у другой есть минималка для ретрансляции. Каждая нода может устанавливать свои правила.