1) В ограниченном смысле. Если на смартфоне работает VPN, вы увидите трафик этого VPN и ничего другого не увидите. (И DNS-запросы тоже не увидите)
2) Разным софтом, который вы перечисляете в других пунктах
3) Можно.
4) Он видит пакеты которые бегут-орут из одного интерфейса в другой интерфейс. Не как службу.
5) Наколхозить правилами в вайршарке можно хоть черта лысого, но нужно ли?
6) Не можно.
Важно понимать, что большинство приложений используют HTTPS с пином, так что максимум, что вы нафильтруете - полностью отрубите какой-то сервис (потому что запрсов не увидите), содержимое трафика вам также будет недоступно - потому что адекватные разрабы используют пин сертификата, следовательно, даже подсовывание сертификата на телефон вам не поможет прочитать трафик.
Резюме - ваши хотелки реализуемы против приложений, разрабы которых - совсеми вислоухие и используют HTTP или HTTPS без пина. Но даже таким разрабам можно помочь, используя VPN