Эти данные приходят в чат бота с вами, поэтому мы сможем их прочитать и записать куда угодно. Примерно так будет на php
$data = json_decode(file_get_contents('php://input'), true);
if (array_key_exists("message", $data)) {
$text = $data['message']['text']; // здесь полученный текст ID_USER=66544456?Prime=3
// парсим текст $param[0] - id_user $param[1]- prime
$param = explode('?', $text);
// если нужны значения отдельно, то еще раз парсим ID_USER=66544456
// $user = explode('=', $param[0]);
// записываем в БД
$insert = $this->pdo->prepare("INSERT INTO user SET user_id = ?, prime = ?");
$insert->execute(['$param[0], $param[1]]);
}