Стандартный инструмент под это дело — perfmon. Логические диски, Exchange, IIS, MS SQL и Oracle performance counter'ы поддерживают. Можно брать счетчики с удаленных машин, можно записывать в файл с любой периодичностью (можно и раз в сутки), можно по собранным данным строить отчеты и графики.
