Собственно, для этой задачи есть
gitignore.
В корне репозитория создаете файл .gitignore, в него просто записываете путь к файлу, который нужно игнорировать (относительно корня репозитория).
Далее нужно исключить его из кеша, т.к. гит не уберет его из трекинга, если он уже там был. Команда:
git rm --cached имяфайла