> b1=Button(root, text="22211", command=random.choice(A))
Вот в этот момент у тебя случано выбирается одна из трёх функций, и назначается на обработку нажатия кнопки.
Только в этот момент! Потом она так и остаётся.
Так что если хочешь, чтобы случайный выбор делался при каждом нажатии на кнопку - делай его при каждом нажатии на кнопку, т.е. в обработчике нажатия. А не снаружи. Внезапно, да?
A=['1', '2', '3']
def clickity():
index = random.randint(0, len(A)-1)
item = A.pop(index) #выталкиваем элемент из списка и вставляем его в переменную
print(item)
b1=Button(root, text="22211", command=clickity)
b1.pack()
root.mainloop()