Вы уверены? Создать компилятор Си с нуля, даже очень тривиальный, даже используя всякие генераторы парсеров - это несколько месяцев работы целой команды специалистов.
Нужно понимать ассемблер, иметь знания по теории компиляторов (есть много книг), теории языков.
Если же вам надо просто прикрутить компиляцию к вашему редактору, то, как многие другие IDE, вам надо будет лишь запускать сторонний компилятор (будь то gcc, clang, visual studio или что-то другое).
У всех них есть консольное приложение которому можно передать файлы в качестве аргументов в коммандной строке. Вам остается лишь разобраться, как запускать приложения на Java.