Что неправильно в этих участках кода для локального выравнивания последовательностей?

Question

[Liza13]

def max3t(v1, v2, v3):
    if v1 > v2:
        if v1 > v3:
            return 1
        else:
            return 3
    else:
        if v2 > v3:
            return 2
        else:
            return 3

T[i][j] = max3t(S[i - 1][j - 1] + (match if Y[i - 1] == X[j - 1] else mismatch),
S[i][j - 1] + gap,
S[i - 1][j] + gap,
)
if T[i][j] < 0:
best = T[i][j]
optLoc = (i, j)

if T[i][j] == 1:
res[0] = Y[i - 1] + res[0]
res[1] = X[j - 1] + res[1]
i -= 1
j -= 1
elif T[i][j] == 2:
res[0] = "−" + res[0]
res[1] = X[j - 1] + res[1]
j -= 1
elif T[i][j] == 0:
res[0] = X[i - 1] + res[0]
res[1] = "−" + res[1]
i -= i

Comments

[dmshar]

У вас вставить нужный тег на функцию силы хватило, а на код самой программы нет?
Вопрос второй - а что означает термин "локальное выравнивание последовательностей". Я нечто подобное встречал только в задачах биоинформатики, а что ОНО означает у вас?
Вопрос третий - вы приводите обрывок какой-то программы (еще и неправильно отформатированной, что делает поиск ошибок в ней невозможным, ну да ладно), в которой активно используются некие загадочные переменные S, gap, Y, rez и пр. но какие в них значения предлагаете нам угадать?
Вопрос четвертый. Я знаю, что такое функция match() из пакета re. А что вы вообще хотели сказать оператором

(match if Y[i - 1] == X[j - 1] else mismatch)

Вы глубинный смысл этого выражения нам поведать можете? Да еще и в качестве элемента выражения, которое используется в качестве параметра вашей загадочной функции.
В общем - хотите помощи - потрудитесь дать для начала ответы на эти вопросы, желательно с использованием общепринятой терминологии.
P.S. Вообще-то вопрос подобного типа надо задавать не в виде "что неправильно", а в формате "вот вход, вот ожидаемый выход, а вот то, что я получаю. Подскажите, где у меня может быть ошибка".