Интересный вопрос… Судя по коду giggle, выбор цвета идет циклически по списку при нахождении новой точки ветвления. Цвета выбираются из «butter», «orange», «chocolate», chameleon", «sky blue», «plum», «scarlet red» и по какому-то условию «aluminium» из трех цветовых схем — яркая, умеренная и тёмная. Возможно, такой порядок цветов и установлен где-то ещё, но не уверен.
Про giggle не скажу, не пользовался, а на первую часть вопроса отвечу.
Активно использую SmartGit. В нём есть два алгоритма подсветки веток.
Первый похож на описанный Flanker72 (по точкам ветвления), а второй подсвечивает коммиты, которые можно смержить, а остальные затеняет.
