это против логики Woocommerce и Wordpress в целом. Но можно написать велосипед свой на PHP и JS конечно. Но не стоит...
В целом решение может быть таким.
Берем ACF, делаем группу полей для категорий, там делаем поле - объект записи с множественным выбором, это чтобы выбирать нужные товары. Далее в шаблоне категорий убираем стандартный вывод постов и делаем свой исходя из выбранных постов в поле ACF. Получается цикл выводит не по таксономи (категория) а тупо из списка в поле ACF.
Вариант сложнее - написать плагин который будет задавать таксономи товарам со страницы категории в админке, не будет ломать вывод страниц, влиять будет только на управление товарами из админки.