Проблемы не будет, если не будете превышать ток через пин - сверьтесь с даташитом на микроконтроллер (типичные значения - 10-20 ma).
С электрической точки зрения, пины атмеги имеют топологию PUSH-PULL. Это значит, что пин соединяется либо с VCC либо с GND через КМОП-транзистор (то есть, почти накоротко).
И еще - при таком использовании, не следует допускать попадания на пин "чистого" напряжения питания или "чистой" земли - а то случится тиристорная защелка и пин выгорит.
Так что для длинных линий есть риск получить два горелых контроллера из-за наводок - учтите это.
В случае с атмегой, все что длиннее 7 метров будет длинной линией.
Длинная линия означает, что вам нужно будет снижать скорость передачи и вводить коррекцию ошибок, а также повесить на линию супрессоры.