Проблема - не выводятся через bitrix:catalog.section товары, у которых нулевой остаток.
В настройках комплексного компонента каталога HIDE_NOT_AVALIABLE => N, соответственно через $arParams передается все верно.
Настройки в торговом каталоге:
Куда еще можно воевать?
Компонент bitrix:catalog.section не модифицировался. В .result_modifier тоже ничего.
P.S. на сайте используется шаблон от аспро, может в этом дело?