sip.conf содержит дополнительные параметры, относящиеся к самому протоколу SIP и может содержать данные пользователей, использующих этот протокол
users.conf содержит параметры пользователей для всех протоколов, но настроек,специфичных для каждого протокола, в нём гораздо меньше.