Вообще-то говоря, файлохранилища тут ни при чем. Есть два списка - sp_fl_1 и sp_fl_2. То, что это имена файлов, полученные в ваших п. 1. и 2. роли не играет. Надо найти элементы в sp_fl_1 которых нет в sp_fl_2.
s_diff=set(sp_fl_1)-set(sp_fl_2)
В переменной s_diff список объектов, присутствующих в первом списке, но отсутствующих во втором.
Ну, далее "тянете" эти файлы из первого "файлахранилища", сохраняете во втором - или что там вы с ними хотите делать.