Конечно есть :D ASP.NET Identity - самая современная.
www.asp.net/identity
Также есть SimpleMembership. По нему вообще полно уроков. В 12-ой студии при создании проекта MVC4 в базовом шаблоне эта система устанавливается по-умолчанию. Т.е. создаются модели, контроллеры, настраивается EF, насколько я помню.
habrahabr.ru/post/192238
blog.osbornm.com/2010/07/21/using-simplemembership...
p.s. поэтому лучше не писать велосипеды, а воспользоваться готовым решением. Но если вас интересует ответ, то на мой взгляд - Cookie конечно, если вы, конечно, не хотите заставить пользователя логиниться каждые N минут, а также после перезапуска браузера.
Ну и самая древняя и тяжёлая - ASP.NET MembershipProvider или как его там, но его нормальные люди сейчас не используют.