Привет!
с поддоменом идея здравая! Тем более, ларавел роутинг позволяет все твои админские роуты посадить на поддомен.
разделять на репозитории вижу только в том случае, если собираетесь разделять доступ к коду другим программистам. иначе много проблем возникнет, от хранения до деплоя. Или если админка написана не на ларе (например на Vue или React). но опять же, лучше делать гит-модулями или package лары.
Так же для безопасности вы скорее всего будете делать нестандартный поддомен - типа adminka367sd.domain.com, + чтобы куки админов имели другие названия и не пересекались с рабочим сайтом.
и еще - БД будет общая, для рабочего сайта и для админки. и если на разных серверах, то будут лаги доступа к БД. Нужно продумать архитектуру