Есть устаревшие компиляторы/трансляторы, и совместимость с библиотеками под вопросом.
Наиболее близкий к получению именно бинарного кода наверное Nuitka, он транслирует код питон в си, а его уже можно скомпилировать.
upd. он же и компилирует, только что проверил, прикольно сделали, hello world .exe - 500кб но это именно код а не завернутый архив с питоном