Я не работал с WebGL, но вот что говорит ответ из интернета:
Вы можете использовать PlayerPrefs, но размер файла PlayerPrefs в WebPlayer ограничен 1 МБ на URL, пользователя и компьютер...
Если файл весит больше, то нужно сохранять на своем сервере и загружать оттуда же.