Всем доброго времени суток, в домене настройками ГП ограничений не задано, но при попытки запустить ftp.exe вылезает заветное окошко, настраивать "Выполнять только указанные приложение Windows" явно не вариант, может быть есть возможность не перебирая все настройки ГП как-нибудь внести данную программу в исключения?
А зачем все настройки перебирать? Выполняете gpresult /H d:/gp.html
находите на диске D получившийся файл и открываете браузером, там видно какие политики к вам применены. Смотрите и видите где поправить чтоб программа запускалась.