Решилось все довольно просто. Команда работает, просто что-то зависло и перезапуск сервера убрал зависшее.
далее запускаем обновление(нашу команду и ждем когда прочитает все депозитории), далее подтверждаем скачивание обновлений и готово.
ну и после запускаем renew.
Он скажет что там что-то с регистрацией связано указываем почту - в общем идет процесс как будто первый раз установили. далее находит настройки сайтов и все, все сертификаты обновляет
После незабываем рестартануть службы от которых идет конфигурация(нжинкс, апач , у кого что)и вуаля все работает, обновлять отдельно acme не требуется