АПД2: Если запустить скрипт из консоли — выполняется 2.2 сек (в скрипте одно большое echo). А если перенаправить вывод в /dev/null, а microtime в error_log — то выполняется 0.003 сек
Это сеть (скорее всего, ssh канал между вами и сервером). Пример:
> time cat [текстовый лог на 1.3М]
real 0m52.905s
user 0m0.000s
sys 0m0.012s
> time cat [тот же файл] > log.txt
real 0m0.015s
user 0m0.000s
sys 0m0.004s
Что касается веб-сервера, время может уходить на резолвинг (как указали выше), маршрутизацию/нат/свичинг собственно в локалке, соединение + плюс TCP некоторое время (точнее, несколько пакетов туда-обратно) нужно, чтобы выйти на полную скорость.
Последовательно отсеивайте причины: nslookup или скачивание напрямую по IP (DNS), ping (скорость пакетов по локалке, потери пакетов), tcpdump — универсальный инструмент, смотрим, что когда и как отдается.