А что за модули?
Если это pip-пакеты, их нужно установить в этот конкретный venv, используя местный pip.
Если это твои собственные модули, которыми ты часто пользуешься - можешь попытаться создать свой пакет и установить его как любой другой. Пакет не требуется загружать pypi.org, pip вполне устанавливает пакеты из файла.
Если же это локальные модули проекта, то тут надо смотреть структуру каталогов этого проекта.
и вот в user.py, например, нужно импортировать переменные из db.py
создавать свой пакет не вариант, т.к. очень много правок в него придётся вносить, в том числе и копировать это всё на сервер