Вопрос №1: Выделил запросы, которые по моему мнению не являются коммерческими и такие следует удалить из ядра?
Пользоваться запросами только из ЯДиректа для продвижения сайта нельзя, т.к. это не полное семантическое ядро. т.е. этот список собирался для других задач. Следовательно, по фен-шую вам надо собрать заново семантическое ядро для вашей ниши, а потом искать ответы на заданные сейчас вопросы. Но это лирика от меня только для того, чтобы дать вам понять, что вы используете не весь потенциал запросов, а десятую его часть и это ваше решение и вы должны понимать, что получите соответствующий результат.
Теперь по существу вашего вопроса.
"По вашему мнению" - пожалуйста, ориентируйтесь на данные, которые более объективны и не применяйте ручной труд, там, где можно автоматизировать рутинные процессы - берегите свое время. Есть, например, сервис Пиксел тулс, в на бесплатном тарифе сможете проверить (не за один раз, конечно) весь список ваших запросов на коммерческость. В сервисе есть инструкции, как анализировать полученные от сервиса данные. Кстати, там же есть возможность получить выгрузку из ТОП-10 по Я/G, чтобы руками не вбивать каждый запрос в режиме инкогнито, который давно не инкогнито..
Если вкратце, то получите 3 типа запросов: коммерческие, информационные, смешанный интент (50/50 коммерч/информац).
Что с этим делать:
- коммерческие кластеризуете (распределяете) на коммерческие страницы
- информационные - пишите статьи
- смешанные - распределяете на коммерческие и пишите статьи.
Важно: правильно распределяйте/кластеризуйте по посадочным страницам - согласно выдаче.
Вопрос №2: Стоит ли ориентироваться на показатель точного вхождения и удалить из ядра фразы, частотность точного вхождения которых ниже определенного порога, например от 2 и ниже?
Здесь каждый смотрит по своему опыту и размеру семантического ядра. Т.к. СЯ у вас неполное, то сложно дать однозначный ответ.
В любом случае, ориентируемся на "частотность точного вхождения (в кавычках)" по вашему региону продвижения. Исходя из того, что есть сейчас я бы не стал удалять даже нулевики. Почему? Потому что важна общая частотность кластера в данном случае. Т.е. "нулевики" могут попасть в один кластер с частотными запросами и будете работать с ними. Ведь может оказаться, что это сезонные запросы или "мигающие" (частотность появляется раз в 2-3 месяца). Конечно, если кластер будет состоять только из "нулевиков", то надо будет ручками смотреть какая по ним выдача.