ВПН создает "виртуальный сетевой интерфейс". У этого интерфейса свой собственный IP адрес в "виртуальной ВПН сети", который выдает ВПН сервер при подключении. Операционная система работает с этим интерфейсом так же как со всеми другими. Для пользовательских приложений он ничем не отличается от обычного сетевого адаптера.
Так что никаких тонкостей с точки зрения MySQL (и остального пользовательского ПО) тут нет.
Другое дело, что ВПН может быть настроен не совсем правильно и из-за этого у вас нет доступа к MySQL.
Для выяснения этого ответьте на вопросы rPman. А так же напишите какой именно тип ВПН вы используете - они бывают разные.
Если вы не знаете ответов, возможно стоит задать ваш вопрос администратору, который обслуживает ВПН.
Где находится mysql?
Где находится vpn сервер?
Где находится vpn клиент?
В любом случае настройки vpn должны быть такими чтобы либо mysql сервер и клиент после подключения к vpn находились в одной локальной сети, либо между сетью клиента и mysqдl сервером должен находиться сервер с правильно настроенным роутнигом или NAT.
я так понимаю тебе нужно амазоновский vpn? ищи доки по его настройке (если что оно на основе ip sec что людям, задающим такие вопросы как у тебя скорее всего будет не просто)
вангую, вот дока по настройке их штатной прокси под скорее всего твою задачу
