Где находится mysql?
Где находится vpn сервер?
Где находится vpn клиент?
В любом случае настройки vpn должны быть такими чтобы либо mysql сервер и клиент после подключения к vpn находились в одной локальной сети, либо между сетью клиента и mysqдl сервером должен находиться сервер с правильно настроенным роутнигом или NAT.