Не знаю как задать кодировку консоли в CLion, наверняка как-то это делается.
Но советую вам запускайть программу в обычной консоли (cmd.exe).
Т.к. IDE обычно настраивают консоль под себя. А работать ваша программа будет вообще то без IDE. Поэтому не сильно интересно, чтоб программа корректно работала под IDE. Гораздо интереснее, чтоб программа работала нормально в обычной обстановке.
Еще могу сразу предупредить - в русской винде в консоли может быть 2 русских кодировки. По умолчанию используется cp866. Но командами консоли кодировку можно сменить на cp1251. Так же кодировку можно сменить и на UTF-8, но с ней многие команды не дружат, поэтому она практически не используется в консоли.
Если ваша программа будет осуществлять консольный ввод/вывод только в одной кодировке, то при переключении кодировки в консоли, ваша программа будет отрабатывать не корректно (так же как сейчас).
Ваш компилятор, сам язык и стандартная библиотека ничего не знают о кодировках консоли и ничего не делают специально, чтоб вывод был корректный. Т.е. выводится в консоль именно то, что вы написали в исходниках.
Можно писать программу так, что бы она корректно работала не зависимо от кодировок консоли. Но это несколько сложней обычного printf.