Не очень понятный вопрос...
В теории - да, можно другим серверным языком изменять хтмл файл и сохранить его в таком виде. На практике это лютая хрень, так как проще хранить данные отдельно, а представление отдельно, по тому как представление может меняться, или вообще отсутствовать (например в API).
Если речь идет про локальный файл и изменения его самого из себя, то нет, средствами современных браузеров его (слава яйцам) нельзя сохранить локально из кода, иначе можно было бы сохранять на произвольную машину абсолютно любые файлы, чего я лично не пожелал бы никому. Только ручками, но сделанные изменения при этом не сохранятся.
Как фрик-проект первый вариант вполне рабочий, а вариант предложенный
Владимир Коротенко будет работать и локально, правда храниться все будет не в самом файле, то есть переносимость данных нулевая, по этому говорить о хранении "как в базе данных" тут не приходится.