Так нужно было не только файлы с кодом на флешку скопировать, но и сам локальный репозиторий, который в папке .git. И ты бы продолжил на другом компьютере коммитить в репозиторий. Git хранит свой репозиторий локально в папке проекта и интернет для работы с ним не нужен.
А правильней было копировать ТОЛЬКО сам репозиторий на флешку. И не в виде папки, а одним файлом, так надёжнее и быстрее. Для этого даже специально придумали команду
git bundle. Затем на новом компьютере распаковываешь файл пакета и восстанавливаешь рабочий каталог.
Сам создал себе проблему на пустом месте, но она легко решаема:
Если ты вернулся на рабочий компьютер, то просто удали все файлы с кодом из рабочей папки и верни туда файлы с флешки. Git сам увидит какие файлы были удалены и какие изменены или добавлены. ВСЁ.
Останется закоммитить изменения и потом отправить их на гитхаб.
Либо если ты нашел другой компьютер с интернетом, то клонируй туда снова свой проект с гитхаба (надеюсь ты не забыл сделать push перед тем как копировать файлы на флешку?) и потом так же очисти рабочий каталог и запиши изменённый проект на это место.