Я деплоил так: монтировал удалённую систему по sshfs и далее делал rsync. Но если проблема в том, что ssh падает, то такой вариант, наверное, тоже не подойдёт (хотя можно ещё попробовать поменять настройки таймаутов у sshd).
Также можно попробовать доступ по NFS настроить, там вроде шифрования нет, поэтому к таймаутам из-за плохого Интернета будет более устойчива.